Con el advenimiento del dominio musulmán se trasladó el núcleo urbano a los cerros, al otro lado del río Henares para que éste sirviera de frontera ante los ataques cristianos; construyeron un recinto amurallado y de ahí proviene su nombre actual: «AL-QAL’A» que significa castillo o fortaleza. Los árabes la llamaban AL-QALAT-NAHAR (el castillo del Henares) heredando su actual denominación por evolución o «castellanización» de ese nombre.
También fue conocida como «Alcalá de San Yuste» y «Alcalá de Santiuste» (=San Justo) por la advocación de los Santos Niños Justo y Pastor, martirizados allí a principios del siglo IV.
No podemos obviar que en 1499 el Cardenal Cisneros funda la Universidad Complutense. El traslado de la Universidad a Madrid en 1836 originó un empobrecimiento del ambiente cultural alcalaíno iniciándose un período de decadencia, aunque actualmente vive uno de expansión económica y cultural con el auge del turismo y la reinauguración de la Universidad en 1977. Porque la educación, en todos los niveles de enseñanza, es la mejor inversión de los pueblos.